Магистерская программа "Системное программирование" готовит высококвалифицированных специалистов в области системного программирования. Одна из главных задач программы – подготовка кадров высшей квалификации в сфере ИТ. Эта задача требует широкого спектра исследований и разработок от дискретной математики до Интернет - технологий для обеспечения широкой и фундаментальной подготовки специалистов. В отличие от индустриальных компаний, ИСП РАН не имеет фиксированного технологического фокуса и базирующегося на нем программного обеспечения. Широкий спектр исследований способствует также развитию принципиально новых технологий, которые зачастую имеют междисциплинарный характер.
Выпускники данной программы владеют теоретическими основами и практическими навыками в области операционных систем, компиляторных технологий, параллельных и распределенных вычислений, технологиями верификации и тестирования программного обеспечения, анализа и обработки больших объемов данных, семантического поиска и др.

Образовательный процесс осуществляется на кафедре системного программирования, заведующий кафедрой член-корр. РАН, д.ф.-м.н. Аветисян Арутюн Ишханович, директор Института системного программирования им. В.П. Иванникова Российской академии наук. Зам.зав.кафедрой: д.т.н. Шнитман Виктор Зиновьевич

Учеба на кафедре совмещается с участием в контрактных работах с индустрией и научных исследованиях, поддерживаемых отечественными и международными грантами. Студентам тем самым доступны разные сценарии их дальнейшего карьерного роста, от чисто научного до производственного. Магистранты имеют возможность трудоустройства и прохождения стажировок в отделах ИСП РАН, институтах Российской академии наук, ведущих лабораториях МФТИ, а также в таких компаниях как Сбербанк, 1С, Яндекс, ABBY и других.