Магистерская программа состоит из двух учебных программ Software engineering and project management и Computer Science. Как видно из их рабочих наименований, первая имеет более прикладной набор преподаваемых дисциплин, вторая — более научный. Обе программы опираются на активную научно-исследовательскую практику. Благодаря такому подходу кафедра имеет «на выходе» широкий спектр специалистов, покрывающий большую часть диапазона кадровых запросов современных R&D IT компаний.

Кафедра теоретической и прикладной информатики была образована в 2010 году, а в 2014 году получила статус межфакультетской.
Базовой организацией кафедры с 2022 года является молодая и быстрорастущая российская IT-компания «Киберпротект», занимающаяся разработкой систем резервного копирования и защиты данных. Компания создает масштабируемые решения мирового уровня для надежной киберзащиты, быстрого восстановления данных и гарантии отказоустойчивости информационных систем. С 2020 года «Киберпротект» является резидентом Инновационного центра «Сколково» и партнером ОЭЗ «Иннополис». Офис компании располагается в непосредственной близости от МФТИ, в московском технопарке – ФизТехПарк. Открыт филиал разработки в городе Иннополис.